A irmandade foi fundada no século XVIII, datando os seus primeiros estatutos do ano de 1757. Surgiu como uma instituição religiosa mas, cedo, o seu campo de intervenção estendeu-se para lá das funções de culto. Dos meados de oitocentos aos princípios do século XX, assistiu-se à concretização dos principais sonhos do seu fundador o brasileiro Padre Ângelo Sequeira (São Paulo, 1707 – Rio de Janeiro, 1776), que no seu livro Botica Preciosa, e Thesouro Precioso da Lapa confessava querer achar todos os remédios para o corpo, para a alma e para a vida. Esta baliza cronológica compreende, assim, a afirmação do extinto Seminário-Colégio da Lapa, a construção do cemitério da Irmandade, a conclusão das obras da Igreja e, mais tarde, a edificação do Hospital.