O seu gosto pela faiança levou-o a criar em 1884 a Fábrica das Faianças das Caldas da Rainha​, com o seu irmão Feliciano Bordalo Pinheiro que ajudou nos aspetos técnico-artísticos. As peças eram inspiradas em motivos vegetais, frutas, legumes e cenas do dia-a-dia de tantos portugueses. Das peças que nos chegam hoje foram imortalizadas as andorinhas, as rãs, o Zé Povinho, os seus clássicos, que ficaram e perduraram na história. Na fábrica são produzidos ainda hoje azulejos, painéis, potes, centros de mesa, jarros, bustos, fontes, lavatórios, bilhas, pratos, jarrões e animais gigantes com o detalhe e a minúcia que a obra merece.

Após a sua morte o filho Manuel Gustavo Bordalo Pinheiro herda a fábrica e a mestria do seu pai na arte da escultura. Em 2018, quando a fábrica corria risco de falência, o grupo Visabeira agarrou a oportunidade e comprou e revitalizou a imagem e a marca.